为了激励研究生勤奋学习，创新进取，发现和奖励优秀年轻人才，促进我国科学事业的发展，特设立中國科學院院长奖。中國科學院院长奖分为院长特別獎和院长優秀獎两种。每年设特別獎50名，獎勵額度5000元人民幣/人；優秀獎300名，獎勵額度2000元人民幣/人。
我所獲此獎項的學生：
| 序號 | 年度 | 學生 | 等級 | 專業 | 導師 |
| 1 | 2006 | 胡少晖 | 優秀獎 | 遺傳學 | 楊煥明 |
| 2 | 2006 | 陳晨 | 優秀獎 | 遺傳學 | 王俊 |
| 3 | 2008 | 高揚 | 優秀獎 | 遺傳學 | 曾長青 |
| 4 | 2009 | 朱江 | 優秀獎 | 遺傳學 | 于軍 |
| 5 | 2011 | 王瑜 | 優秀獎 | 基因組學 | 吳仲義 |
| 6 | 2011 | 王大鵬 | 優秀獎 | 生物信息學 | 于軍 |
| 7 | 2012 | 趙旭 | 優秀獎 | 生物化學與分子生物學 | 楊運桂 |
| 8 | 2013 | 蔣岚 | 特別獎 | 基因組學 | 吳仲義、劉江 |
| 9 | 2013 | 李明明 | 優秀獎 | 生物化學與分子生物學 | 楊運桂 |
| 10 | 2013 | 胡政 | 優秀獎 | 遺傳學 | 吳仲義 |
| 11 | 2014 | 李國強 | 優秀獎 | 基因組學 | 劉江 |
| 12 | 2015 | 王璐 | 特別獎 | 基因組學 | 劉江 |
| 13 | 2015 | 郝亞娟 | 優秀獎 | 生物化學與分子生物學 | 楊運桂 |
| 14 | 2016 | 肖文 | 優秀獎 | 生物化學與分子生物學 | 楊運桂 |
| 15 | 2017 | 楊鑫 | 優秀獎 | 基因組學 | 楊運桂 |
| 16 | 2018 | 陳宇晟 | 特別獎 | 生物化學與分子生物學 | 楊運桂 |
| 17 | 2018 | 蔔佳晨 | 優秀獎 | 生物信息學 | 王前飛 |
